בשנת 2000, לרגל שנת המילניום, ביקר האפיפיור יוחנן פאולוס השני בישראל, והיה לאפיפיור השני המבקר בארץ. מסעו של האפיפיור באזור כלל גם ביקור בירדן וברשות הפלסטינית. האפיפיור החל את הביקור בירדן ב-20 במרץ 2000, הגיע לישראל ב-21 במרץ 2000, ועזב לרומא ב-26 במרץ 2000.
במהלך ביקורו נפגש האפיפיור עם נשיא מדינת ישראל עזר ויצמן, וביקר ביד ושם ובכותל המערבי. הוא קיים מיסה פרטית בחדר הסעודה האחרונה בירושלים, ומיסות פתוחות בהר האושר, בבזיליקת הבשורה בנצרת ובכנסיית הקבר בירושלים. האפיפיור הקדיש יום אחד לביקור בבית לחם שם נפגש עם יושב ראש הרשות הפלסטינית יאסר ערפאת, קיים מיסה בכיכר מאנגר וסייר במחנה הפליטים דהיישה.
ב-23 במרץ 2000, לאחר שנפגש האפיפיור עם נשיא המדינה בזמנו עזר ויצמן, זכה יהורם גאון להופיע בפני השניים בשירי לאדינו, ותרבות ספרד ואבותיו.